El Colegio Mayor está dirigido por la Congregación de Dominicas Misioneras de la Sagrada Familia, quien, como Entidad Titular, es la última responsable del funcionamiento del Colegio. Delega sus funciones en la Directora.
La Directora con el Equipo Directivo del Colegio Mayor Santa Mª del Pino se responsabiliza, por delegación de las Dominicas, de la gestión del Colegio según la normativa vigente, así como de llevar a cabo las decisiones de la Entidad Titular en lo que a su marcha y funcionamiento se refiere, con la finalidad de garantizar la continuidad del carisma dominicano y el estilo propio del Centro.
Al comienzo de cada curso, las colegialas que llevan más de un año en el Colegio eligen entre las colegialas mayores a las decanas, una por cada piso, que forman el Consejo Colegial y tienen, entre otras, las funciones de coordinar y potenciar la participación en las diversas actividades, ser portavoz de todas las colegialas, y representar al Colegio en las actividades intercolegiales.